Историк, филолог XVIII века. 

Окончил Кенигсбергский университет. Специализировался на изучении древних языков (преимущественно восточных). В 1715 г. защитил диссертацию о словах на кресте Христа.

В 1726 г. приехал в Россию для работы в Петербургской академии наук. Профессор по кафедрам древностей и восточных языков.

Основные сочинения посвящены языкам и древнейшей истории Востока. В Петербурге активно занимался изучением китайского языка и культуры.

В круг его научных интересов входила и древнейшая история России. Он опубликовал серию статей, посвященных скифам, киммерийцам и гипербореям. Байер проделал большую работу по выявлению свидетельств о начале Руси в скандинавских, византийских, латинских и др. источниках. Его сочинение «О происхождении Руси» считается началом т.н. «норманнской теории», заключающейся в признании скандинавского происхождения первых русских князей.  

В 1737 г. уволился из АН и планировал вернуться в Пруссию, но неожиданно заболел и умер.  Похоронен на Смоленском лютеранском кладбище. 

Сочинения:

De varagis // Commentarii Academiae Scientiarum imp. Petropolitanae. Ad Annum 1729. SPb., 1735. T. 4. P. 272-311;

Parergon sinicum de calendariis sinicis ubi etiam quaedam in doctrina temporum sinica emendantur. SPb., 1735;

География российская и соседственных с Россиею областей около 947 году, из книг северных писателей выбрана, автора Беэра, бывшего ориентальной истории и языков профессора при императорской Академии наук. Комментариев Санкт-Петербургских в томе десятом от страницы 371. Печатано на латинском языке 1747 году. Переводил Кириак Кондратович того ж года. [СПб.], 1767;

Сочинение о варягах автора Феофила Сигефра Беэра бывшего профессора восточной истории и восточных языков при Императорской Академии наук / Переводил с латинского Кириак Кондратович 1747 в генваре. СПб., 1767.