Происходил из дворянского рода, известного с XVI века. Родился в семье помещика Симбирской губернии, подпоручика Петра Антоновича Ахматова. В 1836 году окончил Казанский университет со степенью кандидата и поступил на военную службу унтер-офицером в Кавалергардский полк. В следующем году был произведён в юнкеры, в 1838 году – в корнеты, в 1840 году – в поручики. В 1846 году стал штабс-ротмистром. В апреле 1849 года был пожалован во флигель-адъютанты к Е. И. В., а в августе того же года – произведён в полковники. Во время Венгерской кампании 1849 года отличился в нескольких сражениях, был награждён орденом Св. Анны 2-й ст. и золотым палашом с надписью «За храбрость».

С началом Крымской войны был назначен исполняющим дела начальника штаба 1-го резервного кавалерийского корпуса. В мае 1854 года перешёл на аналогичную должность в 3-й пехотный корпус, в сентябре 1855 года – во 2-й резервный кавалерийский корпус. В том же году получил чин генерал-майора. В 1856 году несколько месяцев возглавлял штаб всех военных сил в Крыму. В августе того же года был зачислен в Свиту Е. И. В. В 1857–1859 годах состоял членом особой комиссии, учреждённой для исследования злоупотреблений по снабжению продовольствием Крымской и Южной армий.

В 1860–1862 годах состоял харьковским военным губернатором, управлял и гражданской частью. В 1862–1865 годах был обер-прокурором Священного синода. В 1863 году был произведён в генерал-лейтенанты и стал членом Государственного совета. В 1864 году был пожалован в генерал-адъютанты.

После выхода в отставку в июне 1865 года по состоянию здоровья выехал за границу. Скончался во Флоренции в возрасте 53 лет. Был похоронен в Троице-Сергиевой лавре близ Санкт-Петербурга. Семьи не имел.