Феликс Адлер родился в городе Альцай в семье раввина. Когда ему было пять лет, семья перебралась в США, и отец Феликса занял раввинский пост при синагоге Эммануэль в Нью-Йорке.

В 1870 году Адлер окончил теологический факультет Колумбийского университета и начал готовиться к тому, чтобы стать, как отец, раввином. Вернувшись в Германию, молодой человек изучал теологию и философию в Высшей школе еврейской науки в Берлине, а также осваивал курсы философии и политэкономии в университете Гейдельберга. Одновременно с этим он обучался в Еврейской языковой академии. Испытав влияние идей Моисея Маймонида,  В 1873 году в университете Гейдельберга Адлер получил степень доктора философии. Вернувшись в Нью-Йорк, Адлер отказался от раввинского поста. В 1874–1876 годах он преподавал древнееврейский язык в Колумбийском университете.

В 1876 году Адлер основал в Нью-Йорке «Нью-Йоркское Общество этической культуры». Эта организация нацелилась на то, чтобы проповедями и личным примером членов содействовать проведению в практической жизни высших нравственных идеалов независимо от религиозных убеждений и философских теорий. На базе Общества организовывались этические школы и общества в других американских городах, силами его членов создавались благотворительные и просветительские учреждения.

В 1877 году Адлер стал президентом Свободной религиозной ассоциации. В 1879 году на основе учреждённого им «Нью-Йоркского Общества этической культуры» было сформировано «Общество этической культуры». В 1889 году на базе этого общества был создан «Американский этический союз», а в 1890 году этические организации в Америке и Европе объединились в «Международный этический союз», и Адлер был избран его президентом. Союз стал выпускать «Международный этический журнал».

В 1870-х–80-х годах взгляды Адлера постепенно переориентировались с ортодоксального иудаизма на реформированный. В 1877 году было издано его сочинение «Убеждение и действие», где, в частности, отрицалась божественность Ветхого Завета и подвергались сомнению все основные догматические положения иудаизма, включая богоизбранность и особую миссию еврейского народа. В 1875 году Адлер познакомился с Ральфом Эмерсоном и под влиянием того вступил в Свободную религиозную ассоциацию. Взгляды Эмерсона, а также некоторых мыслителей-трансценденталистов, оказали на воззрения Адлера серьёзное влияние, однако наибольшее значение для него имела философия Иммануила Канта. Адлер до конца жизни называл себя кантианцем.

В 1904–1921 годах Адлер был председателем Национального молодёжного рабочего комитета в штате Миссисипи. Его силами была открыта воскресная школа для детей рабочих, в ней преподавались история религий и основы этической культуры. В 1905 году Этическая школа появилась в Массачусетсе. После Первой мировой войны внутри Этического союза наметилось расслоение, особенно в связи с экономическим спадом в США. Одни члены организации отстаивали необходимость проведения социальных и образовательных реформ, другие, включая Адлера, предлагали в разрешении социальных вопросов делать упор на аспект морали.

В 1902–1933 годах Адлер был профессором социальной и политической этики в Колумбийском университете. Он был членом правительственных комитетов по вопросам ветхого жилья, насилия и детского труда. Адлер умер от непродолжительной болезни в апреле 1933 года.

С 1880 года Адлер был женат на Хелен Голдмарк, у супругов было пятеро детей.